Njarðvíkurskóli vinnur samkvæmt umhverfisstefnu Reykjanesbæjar. Meginmarkmið með umhverfismennt er að auka þekkingu og virðingu nemenda fyrir umhverfi sínu og skapa jákvætt viðhorf nemenda og starfsmanna til umhverfismála. Með aukinni þekkingu á umhverfismálum og jákvæðu viðhorfi nemenda og starfsmanna er auðveldara að fá þau til að flokka sorp og ganga betur um náttúruna. Nemendur og starfsfólk skólans hafa verið að taka sig á í umhverfismálum síðustu ár. Meðal verkefna skólans hefur verið að flokka pappír, nýta betur pappír með t.d. nota báðar hliðar á blöðum. Prenta einungis það sem er nauðsynlegt og stilla ljósritun í hóf. Nota rafræn boðskipti sé þess kostur, frekar en pappír. Halda umhverfi skólans hreinlegu með þrifum á skólalóð. Yngri nemendur, í 1.-6. bekk, koma ekki með fernur í skólann og drekka mjólk eða vatn í nestistímum. 

Haustið 2007 fékk Njarðvíkurskóli þá viðurkenningu Landverndar að fá að flagga Grænfánanum en Grænfáninn er umhverfismerki vistvænna skóla. Á tveggja ára fresti þarf að endurnýja umsókn um fánann og er þá gerð úttekt á umhverfisstefnu skólans og framkvæmd hennar með skýrslu. Nánari upplýsingar um Grænfánaverkefnið er að finna á heimasíðu Landverndar. 

Stofnað hefur verið umhverfisteymi til að halda utan um umhverfismál skólans og til að setja skýra stefnu í umhverfismálum. Í þessu teymi eru fulltrúar nemenda úr 5.-10. bekk, fulltrúi foreldra, kennara og aðstoðarskólastjóri. Skrifað var undir umhverfissáttmála Njarðvíkurskóla á umhverfisdegi í skólanum 12. september 2007.   Umhverfisteymi skólans hefur einnig gefið út fréttabréfið Umminn auk þess að vera með kynningar á verkefnum teymisins fyrir nemendur á sal.  Fréttabréfið og kynningarnar má skoða hér.